OpenInkpotのLocoPDFでPDFがうまく表示できないことがあります。
保護がかかったものはさすがに無理ですが、その他のdistillerの設定などの問題なら、ghostscriptについてくるps2pdfを使って
ps2pdf -dPDFSETTINGS=/ebook src.pdf dest.pdf
と変換すれば結構表示できるようになります。
電子ブックだとどうせ色は出ないので、ついでにグレースケールにすると小さくなります:
ps2pdf -dPDFSETTINGS=/ebook -dProcessColorModel=/DeviceGray -dColorConversionStrategy=/Gray src.pdf dest.pdf
